Lucy van Dorp: “Cal frenar la transmissió de la nova variant”

El govern britànic va prendre abans-d’ahir mesures de confinament molt dures, principalment a Londres, per mirar de frenar l’expansió de la nova variant de coronavirus SARS CoV-2 que s’ha detectat al Regne Unit, i que segons els experts d’aquell govern és un 71% més contagiosa. Bona part dels estats europeus han pres mesures aquestes darreres hores per evitar que hi arribés aquesta nova variant. L’estat espanyol ha prohibit els vols del Regne Unit (llevats dels residents i dels ciutadans amb nacionalitat espanyola) i l’estat francès hi ha prohibit tots els vols sense excepció i ha tancat la Mànega.

Però, què en sabem, fins ara, de la nova variant? Com pot afectar la lenta sortida de la pandèmia, que tot just comença a albirar-se amb el començament de la vaccinació diumenge vinent? The Conversation n’ha parlat amb Lucy van Dorp, investigadora experta en genòmica microbiana i evolució de patògens.

—Què en sabem, d’aquesta nova variant?
—La nova variant britànica, amb el nom de “VUI-202012/01” o bé “llinatge B.1.1.7”, va ser anunciada pel secretari de Salut, Matt Hanock, el 14 de desembre. Més tard va ser confirmada pel servei de salut pública d’Anglaterra i el consorci de seqüenciació de covid-19 del Regne Unit. Quan es van tornar a examinar les dades, es va veure que la primera mostra s’havia pres el 20 de setembre al comtat de Kent. La variant té catorze mutacions definitòries, incloent-ne set de la proteïna de punxa (spike protein), que permeten que el virus penetri en les cèl·lules humanes. És una quantitat relativament grossa de canvis, en comparació amb les nombroses variants que circulen a tot el món. Fins ara, els perfils genètics (o genomes) d’aquesta variant han estat seqüenciats i compartits en gran manera al Regne Unit, però n’hi ha casos a Dinamarca i dos a Austràlia. També hi ha hagut informacions d’un cas als Països Baixos. Tots aquests països tenen la possibilitat de fer grans esforços per seqüenciar genomes i és molt possible que aquestes observacions no reflecteixin la veritable distribució d’aquesta variant del virus, que podria ser en molts més llocs sense haver estat detectada. En sabrem més a mesura que es facin i es comparteixin més genomes. Gràcies als esforços per a intercanviar dades de vigilància genòmica i els resultats de les proves de la covid-19 al Regne Unit, sembla que aquesta variant comença a dominar ara per damunt de les versions existents del virus, i que pot ser responsable d’una proporció cada vegada més gran de casos en algunes parts del país, especialment a les regions on veiem que l’expansió és molt ràpida. Sempre és molt difícil d’aclarir la causa i l’efecte en aquests casos. Per exemple, l’augment de l’aparició de certes mutacions potser s’explica perquè els llinatges virals que les porten augmenten la freqüència només perquè s’escau que són presents en una zona on la transmissió és alta atesa l’activitat humana o les mesures que s’hi han pres. Tot i que això continua essent una possibilitat, hi ha clarament observacions prou preocupants en relació amb aquesta variant per a justificar-ne la caracterització, la vigilància i mesures molt precises i curoses que en frenin la transmissió.

—És més perillosa?
—Chris Whitty, principal càrrec del govern en aquesta qüestió, va declarar que de moment no hi havia proves que aquesta variant alteri la gravetat de la malaltia, ni quant a la mortalitat ni quant a gravetat dels casos de covid-19 per als infectats. Es treballa per a confirmar-ho.

—Com es produeixen les mutacions del virus?
—Les mutacions són una part natural de l’evolució del virus. En el cas del SARS-CoV-2, aquestes mutacions poden sorgir per causa d’errors aleatoris durant la reproducció del virus, poden ser induïdes per les proteïnes antivirals en els infectats, o bé per la mescla genètica, coneguda com a recombinació. Tanmateix, ara com ara no es detecten senyals de recombinació en el SARS-CoV-2. S’espera que la majoria de mutacions no tinguin cap mena d’impacte. Per exemple, quan el nostre equip va avaluar els reemplaçaments de mutacions individuals en més de 50.000 genomes de la primera onada de la pandèmia, no en vam detectar cap que alterés significativament l’aptitud viral, és a dir, la capacitat del virus per a sobreviure i reproduir-se. Així i tot, de tant en tant, una mutació, o en aquest cas una combinació particular de mutacions, pot ser afortunada i oferir al virus un nou avantatge. Aleshores, els virus portadors d’aquestes combinacions de mutacions poden augmentar la freqüència per selecció natural si l’entorn epidemiològic és adequat.

—D’on va sortir la variant?
—Ara com ara, no ho sabem. Fins ara, els científics no han identificat cap virus estretament relacionat per a afermar la teoria que la variant havia estat introduïda des de l’estranger. Els patrons de mutacions observats apunten més aviat a un període prolongat d’evolució adaptativa, molt probablement al Regne Unit, segons les dades actuals. S’han observat patrons de mutació semblants a aquests en l’evolució del SARS-CoV-2 en pacients infectats crònicament amb sistemes immunològics més dèbils. La hipòtesi actual és que aquesta situació d’infecció crònica, en un sol pacient, pot haver tingut pes en l’origen d’aquesta variant. Això es continuarà investigant.

—Quantes variants del SARS-CoV-2 hem trobat?
—Hi ha molts milers de llinatges del SARS-CoV-2 que difereixen, de mitjana, tan sols per un nombre molt petit de mutacions definitòries. Continua essent cert que el SARS-CoV-2 que circula ara mateix arreu del món té poca diversitat genòmica. Això no obstant, les mutacions subtils que es produeixen en diversos llinatges poden ser molt útils per a reconstruir patrons de transmissió. Per exemple, en la investigació feta al començament de la pandèmia, es van fer servir assignacions de llinatge per a identificar, pel cap baix, mil introduccions de SARS-CoV-2 al Regne Unit.

—I aquesta per què és diferent?
—És important d’assenyalar que moltes de les mutacions que defineixen la variant britànica s’han observat en el SARS-CoV-2 abans i fins i tot molt al començament de la pandèmia. Així i tot, la variant o el llinatge del Regne Unit es defineix per un nombre i unes combinacions de mutacions inusuals. Ja s’havia demostrat que una d’aquestes mutacions, la N501Y, augmenta la unió del virus als receptors de les nostres cèl·lules. La N501Y va ser seqüenciada per primera vegada en un virus al Brasil l’abril del 2020, i ara com ara va associada amb una variant del SARS-CoV-2 que també augmenta la freqüència a Sud-àfrica. Una variant independent de la B.1.1.7 que també és motiu de preocupació. Les supressions particulars identificades en la proteïna de punxa de la B.1.1.7 han aparegut en molts altres llinatges del virus cada vegada més sovint, i també s’observen en les infeccions cròniques, on poden alterar l’antigenicitat, és a dir, el reconeixement per part dels anticossos immunes. Aquestes supressions també poden anar associades amb més mutacions a la regió d’unió de la proteïna de punxa del coronavirus, incloent-hi les observades en infeccions entre els bisons de viver i una mutació que s’ha demostrat que té un paper en la capacitat del virus d’evadir el sistema immunitari en els éssers humans. La B.1.1.7 també allotja un gen ORF8 truncat, amb supressions en aquesta regió prèviament associades a la disminució de la gravetat de la malaltia. Encara cal determinar l’efecte fundacional d’aquestes mutacions i supressions, sobretot quan es tracta de la combinació assenyalada a la B.1.1.7. El gran nombre de mutacions i l’augment recent de la prevalença d’aquesta variant en particular, juntament amb la importància biològica d’algunes de les mutacions candidates, posa en relleu la necessitat d’un estudi a fons.

—Tot això què vol dir, per al vaccí?
—De moment no ho sabem. Però hem d’estar segurs que els vaccins estimulen una resposta d’anticossos molt important a tota la proteïna de punxa, i per tant es preveu que no en minvarà significativament l’eficàcia per les mutacions. Això ja es va provant. Així i tot, cada vegada hi ha més proves que algunes altres menes de coronavirus estacionals mostren una certa capacitat de fugir de la immunitat durant períodes de temps llargs. Per tant, és concebible que puguem arribar a un punt en què se’ns exigeixi que actualitzem els nostres vaccins anticovid-19, tal com ho fem amb la grip, per tal que incloguin les variants que circulin en cada moment. És massa aviat per a dir si aquest serà el cas d’ara, però la seqüenciació extensiva del genoma, l’intercanvi de dades i la informació estandarditzada de les variants seran vitals per a escatir-ho.

Aquest article ha estat publicat originalment a The Conversation amb el títol “Coronavirus new variant – genomics researcher answers key questions”