Les seqüències del genoma d’un coronavirus SARS-CoV-2 de dos pacients de l’Hospital Clínic Universitari de València es van fer públiques el 13 de març, divendres, a la vesprada. És la primera seqüenciació de pacients dels Països Catalans, que, tal com informa la Universitat de València, arriba després d’un treball coordinat de viròlegs, epidemiòlegs i bioinformàtics fet pel Servei de Seqüenciació i Bioinformàtica de la Fundació per al Foment de la Investigació Sanitària i Biomèdica del País Valencià (FISABIO) i pel grup de recerca en Epidemiologia Molecular de l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio), encapçalats per Fernando González-Candelas, catedràtic de genètica de la Universitat de València. I no s’aturen: el 16 de març han anunciat que els genomes seqüenciats ja en són tres, bo i destacant la importància d’aquest procés: amb aquesta anàlisi es pot saber per quines vies ha entrat el virus al País Valencià i com es transmet; a més a més, ‘ens permet conèixer les mutacions que ha patit el virus des que començà l’epidèmia, i la conclusió després de l’anàlisi duta a terme és que, fins ara, no s’ha trobat cap mutació associada a una major virulència, letalitat, o a alguna propietat interessant des del punt de vista clínic’.

Vull fer el confinament però m’obliguen a anar treballar. Què puc fer?
En parlem amb Juli Peretó, professor de bioquímica i biologia molecular de la Universitat de València i codirector de l’I2SysBio:

Què és la seqüenciació del genoma del virus i què implica?
—Les instruccions en tots els organismes, incloent-hi els virus, es troben en el genoma. És una molècula més o menys llarga que conté totes les instruccions de la construcció de l’entitat biològica que siga, una cèl·lula, un bacteri o, en aquest cas, un virus. I ací dins, hi és tot: hi ha les instruccions per a reproduir-se, per a propagar-se, per a poder envair una cèl·lula… Saber aquestes instruccions és important per a poder dissenyar estratègies tant de detecció com de diagnòstic, per a saber-ne la dinàmica evolutiva, com es comporten les poblacions, quina agressivitat té, fins a quin punt és eficaç en escampar-se. I tot això ajuda a dissenyar teràpies o maneres de frenar l’expansió i d’evitar-ne la infecció. Per tant, conèixer a fons les instruccions genètiques és una eina fonamental per a retratar amb tots els detalls qui és, què fa i com ho fa. I com més genomes tinguem, millor.

Perquè a la Xina, de fet, ja el van seqüenciar de seguida.
—Immediatament. Avui dia, tenim l’avantatge, tècnicament parlant, que la seqüenciació és molt barata i molt ràpida. Hi ha moltes tecnologies que ja són pràcticament rutinàries en molts laboratoris. Això, per exemple, ara es fa amb uns seqüenciadors que caben al palmell de la mà i que s’endollen amb un USB a l’ordinador. Vull dir que fa uns pocs anys era una cosa molt complexa i costosa però ara és a l’abast de molts laboratoris. I la cooperació internacional és extraordinàriament important. Compartir la informació és essencial. Perquè parlem d’una extensió planetària.

Les dades de la seqüenciació valenciana ja són públiques i s’ha explicat així: ‘La informació s’ha dipositat a la base de dades de la Iniciativa GISAID i ja està disponible per a tota la comunitat científica. Les dades es poden consultar també a Nextstrain, una plataforma que permet visualitzar la progressió espacial i temporal de la pandèmia.’ Ara per ara hi ha més de quatre-cents genomes de quaranta estats diferents.
—Sí. Les primeres seqüències són de la Xina, evidentment, i a mesura que ha passat el temps s’han anat acumulant genomes seqüenciats de tot el planeta. Ara mateix revisava els darrers: n’hi ha  alguns dels EUA, n’hi ha molts d’Europa, és clar, aquests últims dies, incloent-hi els de València. I aquesta és la informació que necessitem: de tot arreu i de com va la dinàmica de l’evolució. Perquè (i això va dedicat als creacionistes) saber la dinàmica evolutiva d’un virus és imprescindible per a poder-lo combatre, per a entendre com podem fer-hi front, i, arran de l’emergència d’una malaltia nova i amb la possibilitat que ens visite cada any, com fa la grip, estar preparats per a la següent. Perquè, de virus nous, en continuen apareixent i n’apareixeran. Com aquest: virus que afecten animals que estan en contacte amb els humans, que ‘aprenen’ a passar de l’hoste silvestre als humans i que després ‘aprenen’ a passar d’humà a humà.

Hem d’assumir que això continuarà passant.
—Sí: ha passat durant tota la història, només que no ho sabíem. O no hi havia una distribució tan ràpida. Ara, és clar, qualsevol que ha estat a la Xina i amb un avió se n’ha anat a l’altra punta del món, ha portat el virus a una velocitat que ell tot sol no hauria aconseguit.

Diguem que ara els virus viatgen amb avió.
—Sí. I per tant l’expansió ha estat extraordinàriament ràpida. Per poc que el virus tinga una capacitat d’infecció òptima, l’ajudem, perquè el transportem a milers de quilòmetres i fem que els focus d’infecció es multipliquen amb una rapidesa extraordinària. Per això les mesures de confinament, tot i que són antipàtiques i difícils de pair, són les més eficaces, perquè barren el pas a la difusió. I, mentrestant, ell tot sol es va apagant, diguem-ne, no té capacitat de passar d’un individu a un altre, queda aïllat en petits grups humans d’on a poc a poc s’anirà extingint. De tota manera, aquest virus, com els altres, ha vingut aquí per a estar recurrentment entre nosaltres. No es podrà exterminar.

Aquest virus, com els altres, ha vingut per a romandre entre nosaltres. No es podrà exterminar

La grip A, al capdavall, ja s’ha fet recurrent.
—Exacte. Les seqüenciacions de genomes i de més tipus d’investigacions que es fan als laboratoris de microbiologia permetran, d’ací a uns quants mesos, que hi comence a haver formulacions en forma de vacunes. I formaran part del paquet preventiu habitual. Perquè aquest virus, amb l’expansió que ha tingut, podrà reemergir segurament cada temporada. I anirà passant a la llista de prevencions que cal tenir.

Però això no vol dir que cada temporada ens haurem d’aïllar, no? Se suposa que també generarem anticossos…
—No, no. La qüestió és que aquest virus és nou i, per tant, com que no hi ha hagut cap contacte previ, els sistemes immunitaris de la població no estan preparats, no hi ha cap defensa prèvia. Però a mesura que hi haja contacte això variarà. Perquè també pots tenir el virus, o entrar-hi en contacte, i no arribar a emmalaltir però sí desenvolupar una certa defensa. Encara que tampoc no sabem, en aquest cas, quant de temps duren aquestes defenses. Fixa’t que el virus va canviant de pressa. Per això són importants els estudis genòmics. Per a saber, per exemple, a quina velocitat va canviant. La formulació de la vacuna de la grip, per exemple, no pot ser cada any la mateixa perquè el virus de la grip varia molt. Doncs aquest altre també varia, és clar. Així doncs, la vacuna que es desenvolupe valdrà per al coronavirus de la temporada i poca cosa més. Caldrà reformular-la cada any. Però amb aquests virus, que tenen aquesta capacitat de mutació tan gran, no tens cap més alternativa. S’ha d’anar protegint la població periòdicament.

Filogènia del coronavirus SARS-CoV-2 amb les seqüències disponibles el 14 de març de 2020. Les fletxes assenyalen els llinatges dels virus aïllats a València.

 

Amb les successives seqüenciacions s’estableixen el tipus i el ritme de mutacions. Ara diuen que, amb les dades que hi ha, sembla que el ritme de mutacions d’aquest virus és menor que en el virus de la grip.
—És una primera aproximació que caldria que es confirmara. Però, efectivament, és una mica menor que el de la grip. Això vol dir que és una mica més estable, que no canvia tan de pressa i que, consegüentment, és possible que les vacunes siguen una mica més eficaces o que tinguen una durada ‘més llarga’. Però encara no ho sabem. No tenim experiència prèvia acumulada per a saber com es comporta entre la població i com evolucionarà tot. Però això que heu dit és correcte. Al gràfic de la filogènia del coronavirus que acompanya la notícia de la Universitat de València, la línia horitzontal són les dates: els primers genomes són del desembre, i evidentment són de la Xina; a mesura que va passant el temps, tot el ventall de línies que es van obrint verticalment ens dóna la mesura de la diversitat, com es va diversificant, de manera que cada puntet representa un genoma diferent. I ara, d’un inicial, en tens molts, que hauran variat en més o menys proporció. Perquè a mesura que passa el temps es van acumulant les mutacions.

Ara hi veiem els canvis en directe.
—I és important d’analitzar-ho quan hi haja prou informació i prou modelatge matemàtic computacional. Hi ha moltes eines necessàries per a fer aquests estudis. Cal saber, per exemple, fins a quin punt aquests virus mantenen una certa ‘identitat’ quant a capacitat de canvi i d’infecció, capacitat de matar. Si això canvia o no, encara no ho podem saber. Però els estudis que s’aniran fent ens aniran donant més llum sobre aquesta qüestió: sobre com es comporta en el curs del temps. Jo pense que la clau és saber que tenim davant una cosa dinàmica, que va canviant amb el temps, molt ràpidament, i que aquest estudi en directe que es fa ara, dia a dia, sobre com van passant els canvis en cada lloc, és molt important per a poder caracteritzar la dinàmica futura. De prediccions, sempre se’n podran fer, dins uns certs límits. Per exemple, la formulació de la vacuna de la grip es fa sobre la base del que va passar la temporada anterior: una vacuna no la fas en un dia, són molts mesos de preparació, has de tenir les dades de les temporades anteriors i fer aproximacions. Per això no són igualment eficaces cada any, perquè els models de predicció no són perfectes. I perquè el virus potser va per una via que no t’esperaves o fa una cosa que tu, de manera purament estadística, no havies estimat com a molt probable.

S’aprendrà la lliçó i s’invertirà més en recursos de tota mena per a la investigació i la pràctica científica?
—No. Pense que no. Perquè, tot i que no amb aquesta magnitud, que d’això no en teníem experiència prèvia, no és la primera vegada que passa. Però els polítics tenen interessos molt a curt termini. El que puga ocórrer en els anys a venir, si torna a haver-hi una pandèmia, ja no els agafarà a ells en el càrrec. Vull dir que si realment hi hagués un compromís amb la ciutadania, amb la gent, quines serien les prioritats? Reconstruir el sistema sanitari públic, que és molt malmès. Ara es veuen les tensions que sofreix, aquests gràfics tan bonics que hi ha per a avisar-nos que intentem d’aturar l’avenç de la infecció per a no saturar el sistema sanitari: doncs ja s’ha desbordat. És cert que mai no hi haurà prou recursos per a tenir un sistema sanitari òptim, però no podem castigar-lo com s’ha castigat. I després, aquesta segona part que esmenteu: la recerca biomèdica, la recerca en evolució de patògens, l’estudi de l’emergència de noves patologies de virus i bacteris, etcètera, és clarament una recerca d’interès social, una recerca que ens va bé a tots. En fi. Ara són tot bones paraules, i ‘escoltarem els científics’ i etcètera, però moltes vegades, encara que se’ls escolten, després l’execució de la política fa un balanç de molts altres aspectes. De tota manera, a posteriori és més fàcil d’establir què s’havia d’haver fet o què no es va fer o si no es va fer en el moment oportú. Jo seria una mica prudent en aquestes crítiques perquè tampoc no tenim l’experiment de control. És a dir, si no haguérem fet això o ho haguérem fet d’una altra manera, què hauria passat? No ho podem saber.

VilaWeb necessita el vostre suport

El dret d'informació és indiscutible i, en dies com aquests que vivim, que tothom hi pugui tenir accés és més necessari que mai. A VilaWeb treballem de sempre per donar la millor informació possible amb accés lliure, sense barreres de pagament. Simplement demanem als qui pugueu i vulgueu pagar que ens ajudeu fent-vos-en subscriptors, per poder garantir la continuïtat i la independència del diari.

Trobareu més informació sobre les subscripcions en aquesta pàgina.

 

Vicent Partal
Director de VilaWeb