08.11.2005 - 14:16
El departament de Genètica i Microbiologia de la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), amb la col·laboració del departament d’Arquitectura de Computadors i Sistemes Operatius d’aquesta universitat, han creat una base de dades informàtica de diversitat genètica d’animals, un projecte ambiciós en l’àmbit de la bioinformàtica que pretén donar una visió global de la varietat genètica dels animals. El projecte el lidera l’investigador Antonio Barbadilla, del departament de Genètica i hi treballa també la doctorand Sònia Casillas (a la foto).La bases de dades dissenyada pels investigadors catalans podrà respondre preguntes com quines són les espècies més adaptables o quins gens són els que menys canvien en l’evolució animal. La tasca dels investigadors de la UAB ha estat, en primer lloc, dissenyar una eina informàtica, el Pipeline Diversity Analysis (PDA), que permet analitzar la diversitat genètica a partir de les dades arxivades en grans bases de dades públiques de genòmica, principalment el GenBank. El conjunt de programes integrats dins el PDA cerquen les seqüències en aquestes bases de dades, les agrupen i mesuren la diversitat genètica en diferents regions del genoma. La base de dades creada per la UAB inclou, doncs, la informació extreta d’aquestes anàlisis, i n’anirà incorporant progressivament, nodrint-se de les dades que els científics vagin incorporant en les bases de dades de genòmica. Així, laboratoris de tot el món poden utilitzar la informació del projecte de la UAB, i ja han sol·licitat d’incorporar-la a la base de dades de referència de la ‘Drosophila’, Flybase.
En una primera fase, la base de dades de la UAB recull la diversitat genètica del gènere Drosophila (al qual correspon la mosca de la fruita), el més estudiat pels genetistes, i a principis d’any hi incorporarà les dades sobre la diversitat genètica de 549 espècies de mamífers, entre les quals el porc, la vaca, l’ovella, el bou, el cavall i el lleopard. ‘El secret d’aquesta base de dades ha estat l’aposta por l’automatització de tot el procés, cosa que semblava destinada al fracàs per la seva complexitat’, explica Antonio Barbadilla, que ha remarcat, en una entrevista a VilaWeb, que el projecte s’ha pogut portar a la pràctica ‘gràcies a un gran capital humà i a molta inventiva’.
Enllaços
Base de dades de diversitat genètica de la UAB.
Webs relacionades dins Nosaltres.Com: Universitat.
