Inaugurat el 18 d'abril de l'any 1999, el Jardí Botànic de Barcelona està construït sobre un antic abocador de runes sòlides al parc de Montjuïc. El projecte va ser impulsat per l'Ajuntament de Barcelona després que l'any 1986 les obres d'accés als nous equipaments olímpics afectessin seriosament l'estabilitat del jardí botànic històric, creat l'any 1930 pel doctor Pius Font i Quer als terrenys dels sots de la Foixarda (avinguda dels Muntanyans-parc de Montjuïc).

Els primers moviments de terres per a la construcció del nou jardí botànic van començar l'any 1991 i l'any 1992 es van presentar les dues mil plantes donades per al futur jardí per una cinquantena de ciutats del món amb motiu dels Jocs Olímpics. Les obres, amb un pressupost de 4,2 milions d'euros que, igual que l'adquisició i plantació de la vegetació, es van cobrir amb fons europeus, van començar l'any 1997 i un any més tard l'Ajuntament de Barcelona i el Consell Superior d'Investigacions Científiques (CSIC) van signar un conveni per situar també al mateix espai l'Institut Botànic de Barcelona.

El Jardí Botànic de Barcelona està concebut des del punt de vista arquitectònic com una gran malla triangular adaptada al terreny. El projecte és obra d'un equip interdisciplinari format pels arquitectes Carles Ferrater i Josep Lluís Canosa, l'arquitecta paisatgista Bet Figueras, l'horticultor Artur Bossy i el biòleg Joan Pedrola. El projecte va rebre el premi FAD d'exteriors l'any 1999 i també el premi Ciutat de Barcelona d'arquitectura l'any 2000.