En una segona etapa, a final de gener, es produiran altres modificacions del servei a l'estació de Sant Andreu Comtal, on actualment circulen trens de mitjana distància i de rodalies, encara que ni Renfe ni Adif no n'han concretat les afectacions. La construcció del tram de la línia del TAV entre les estacions de la Sagrera i el nus de la Trinitat, que té una longitud de 4,24 quilòmetres, comportarà una «transformació total» de la infraestructura ferroviària a la zona, segons Renfe i Adif, i s'emmarca en el projecte per portar el TAV de Barcelona a la frontera francesa. Concretament, les principals actuacions consistiran en la construcció d'una nova estació de Sant Andreu Comtal, l'edificació del futur taller de manteniment de material d'ample internacional i la remodelació de les vies d'accés, així com l'execució de vials adjacents als corredors ferroviaris. Per poder emprendre aquestes obres, que tenen un pressupost de 245 milions, s'haurà de reduir de manera gradual la capacitat operativa i els accessos a les instal·lacions de l'estació i el seu entorn. A partir de Reis, i fins al 31 de gener, es donaran de baixa les vies 4 i 6, cosa que obligarà a traslladar els serveis de mitjana distància cap a Tarragona, Lleida i Saragossa a l'estació de França. Posteriorment, dins de la primera fase, també s'hauran de suprimir a final de gener les vies 8 i 10, cosa que comportarà noves afectacions en el servei, encara per determinar. En fases posteriors es procedirà a desmantellar progressivament les vies que donen accés a les diverses instal·lacions tècniques situades en aquest sector per alliberar l'espai necessari per construir el tram subterrani de la línia d'alta velocitat i la nova estació de Sant Andreu Comtal. La remodelació començarà el mateix dia que es reobrirà l'estació de Passeig de Gràcia, que ha estat tancada des de Nadal per canviar la catenària del túnel.

Tots els trens de Tarragona, Tortosa, Lleida, Casp i Saragossa tindran parada a Sants, Passeig de Gràcia i estació de França.