Més de la meitat dels rius i llacs de la península Ibèrica presenten un mal estat ecològic a causa de la contaminació, del deteriorament de la vegetació de les riberes i del règim hidrològic, i de l'empobriment o desaparició de la fauna i la flora aquàtica.

Tot i que hi ha avenços tècnics significatius per definir el bon estat ecològic que s'ha d'assolir, les diagnosis dutes a terme a l'Estat espanyol són incompletes, atès que no hi ha una visió de conjunt per la manca de criteris comuns entre les conques hidrogràfiques i els dos estats peninsulars, l'espanyol i el portuguès. La FNCA assenyala que l'aplicació de la Directiva Marc de l'Aigua suposa una oportunitat extraordinària per a la gestió sostenible de l'aigua, i que cal fer un gran esforç perquè els esborranys dels plans de conca tinguin prou qualitat i serveixin de base per als plans definitius.