Inicialment es preveia que la variant de l'N-II passés per sobre de la riera Galligants i per sota de les vies del TAV, a través d'un túnel, al punt on es creuaven, això és, entre el castell de Sant Ferran i el puig de les Basses, on es construeix la nova presó. Els tècnics del departament de Carreteres del Ministeri de Foment, però, per fer aquesta previsió van agafar l'estudi informatiu del TAV –que ja estava fet–, sense tenir en compte que en el projecte final, després de les al·legacions, s'havien rebaixat les cotes de les vies del tren cinc metres. Ara es troben que la carretera va al mateix nivell que el TAV. Per travessar el traçat ferroviari es plantegen dues opcions: allargar la variant pel nord, cap al nucli de Llers, en paral·lel a l'autopista i a la línia d'alta velocitat i que enllaci més al nord amb l'actual traçat de l'N-II, o bé fer-li guanyar prou alçada quan entri al terme de Figueres pel sud perquè pugui passar per sobre de les vies a una alçada que la Unió Europea permeti, ja que la normativa comunitària fixa que les carreteres sempre han de travessar les vies per sota, i no a la inversa. Aquesta opció, però, causaria un gran impacte ambiental al territori, ja que els quatre carrils de l'N-II haurien de fer-se amb viaductes a una cota molt alta, tant a ponent del castell com un cop superada la fortalesa per anar a trobar el cinturó de ronda.

La variant nord de l'N-II, que també ho serà de l'N-260, comença, pel sud, a la variant de Borrassà, i pel nord havia d'anar a enllaçar amb el cinturó de ronda a tocar del nus de comunicacions que hi ha als Hostalets de Llers. Ara, amb aquest problema de descoordinació tècnica que ha sorgit, es desconeix en quin punt es farà la connexió amb l'N-II.