Amb matisos, les diverses entitats ecologistes coincideixen en un mateix diagnòstic: la proposta d'espai a protegir que ha fet el Departament de Medi Ambient no compleix les condicions i característiques mínimes que ha de tenir un parc natural. Segons les al·legacions que han presentat, posen èmfasi en diversos aspectes.

ANG.
L'Associació de Naturalistes de Girona veu bé la inclusió que s'ha fet de diferents ambients, però creu que no es connecten prou els espais del Montgrí i el Baix Ter, i que això pot complicar la gestió i la conservació dels valors naturals. L'entorn de Sobrestany, la plana agrícola del Baix Ter, els terraprims de la Muntanya Gran del Montgrí o les Deveses de la Fonollera són espais que, diuen, s'haurien d'incloure en el parc. A més, es proposa estendre la figura de reserva natural parcial als penya-segats litorals del massís, a zones de dunes o a la Muntanya Gran.

IAEDEN.
La Institució Altempordanesa d'Estudis Naturals, juntament amb Salvem l'Empordà, proposa multiplicar les hectàrees de parc de manera que inclogui tot l'espai limitat per les carreteres entre Verges i Viladamat i Canapost i Sant Julià de Boada, abans de Pals i els Masos pel sud i connectant amb el Parc Natural dels Aiguamolls a través de Cinclaus, a l'Escala, pel nord. De tot aquest àmbit n'exclourien els nuclis habitats, amb els seus creixements urbanístics previstos. A més, reclama augmentar les zones de reserva marina. Montse Pasqual, gerent de la IAEDEN, veu positiva la creació del parc per al futur de l'espai: «En un parc natural hi conviuen totes les activitats, i no entenem les posicions contràries.»

GRUP DE DEFENSA DEL PATRIMONI DEL BAIX EMPORDÀ.
Aquest grup es va formar fa un any sobretot per gent de Pals i pobles del voltant. Les al·legacions coincideixen bastant amb les de la IAEDEN, i asseguren que ampliar el parc pot donar un important valor afegit a les activitats socioeconòmiques de la zona. Segons la presidenta, Maria Antònia Prats: «Demanem una visió més europea i racional del que ha de ser un parc natural, perquè ara s'ha anat a regatejar.»

GENT DEL TER.
En l'àmbit marí, demanen la creació d'un refugi de cetacis i tortugues marines. En zona terrestre, reclamen el tancament i restitució de la pedrera d'Ullà, i la protecció de Sobrestany i Torre Ferrana com a connector amb el parc dels Aiguamolls, així com la pineda de Riells de Dalt. Eixamplar la protecció del corredor litoral, retornar la zona de Mas Pinell i les basses d'en Coll al seu estat original i augmentar les reserves naturals integrals creuen que ajudaria a augmentar la connectivitat.

PLATAFORMA DEL TER.