Mig any després de la greu sequera que va viure Catalunya i quan ja gairebé no es parla d'aquell episodi, encara hi ha 49 pobles alt-empordanesos de la conca de la Muga on es mantenen les restriccions d'aigua a causa del baix nivell que té el pantà de Boadella, que en aquest moment està al 26,98% de la seva capacitat, amb 16,49 hm³. De fet, aquesta conca va ser la primera de Catalunya que va entrar en la fase d'excepcionalitat 2 –al novembre del 2007– i és l'única on encara hi ha restriccions de consum. El decret de sequera preveu que en aquest nivell d'excepcionalitat no es permetin els usos lúdics de l'aigua, com ara omplir piscines, i que es redueixin també els usos que no siguin de boca, com ara el rec de camps agrícoles.

Fins i tot els alcaldes de les poblacions afectades –entre les quals hi ha Roses, Castelló d'Empúries i Figueres, per exemple– van reclamar a principi d'estiu a l'Agència Catalana de l'Aigua que flexibilitzés el decret de sequera perquè aquesta situació no afectés el turisme. Finalment, però, el nivell d'emergència s'ha mantingut i també les restriccions. Els alcaldes també reclamen que es busquin solucions perquè la situació que es viu ara no es repeteixi en un futur.

Mentrestant, els municipis alt-empordanesos que s'abasteixen de la Muga han hagut de buscar alternatives per garantir el subministrament d'aigua i, en el cas dels pobles de costa, perquè afectés el mínim els serveis turístics. Per exemple, a Roses usen un sistema per omplir piscines amb aigua de mar i a diversos punts han obert pous nous i han instal·lat sistemes per netejar carrers amb aigua depurada. El repartiment d'estalviadors d'aigua per a les aixetes també ha estat general a la major part de la comarca alt-empordanesa.

Tot i això, a poblacions com ara la Vajol, Vilamaniscle i Rabós d'Empordà s'han hagut d'abastir amb cisternes d'aigua en algun moment perquè els pous estan buits. També a Castelló d'Empúries el rec del Molí està sec per culpa del baix cabal de la Muga.