El parc natural del Montgrí tancarà una ferida oberta fa 25 anys quan la Generalitat va decidir crear el Parc Natural dels Aiguamolls de l'Empordà sense incloure-hi els aiguamolls del Baix Empordà, tot i que inicialment els havia tingut en consideració. I van haver de passar nou anys perquè la Generalitat decidís preservar els aiguamolls del Baix Empordà com un espai d'interès natural. En aquest acte també es van incloure el massís del Montgrí i les illes Medes. La part submergida de les Medes s'havia protegit dos anys abans, creant una àrea protegida.

L'avantprojecte de parc proposa diferents figures de protecció de la zona, destacant les illes Medes, que quedaran com a reserva natural integral. I la zona submergida de les illes i els aiguamolls del Baix Ter (llacunes i aiguamolls del Ter Vell, la Pletera, la bassa de fra Ramon i les basses d'en Coll), com a reserva natural parcial.