La secció de la fiscalia dedicada a Medi Ambient i Territori de l'Estat Espanyol es va crear el setembre del 2005, a causa dels casos de corrupció urbanística i delictes mediambientals que hi havia, si bé fins al 2006 no es va crear aquesta secció específica a Girona, que des d'aleshores ha comandat el fiscal Enrique Barata.

A la fiscalia li arriben les denúncies que fan o bé cossos com els Agents Rurals o els Mossos, o bé associacions i particulars, i si hi ha indicis de delicte és el fiscal qui tira el procediment endavant. Si un cop estudiat el cas no s'hi observa un possible delicte, s'arxiva i, si no, es porta als jutjats. En ocasions, és el mateix fiscal qui ordena, de motu proprio, investigar un cas. Barata destaca que cada vegada hi ha més sensibilitat dels jutges amb aquests temes: «Abans molts atestats s'arxivaven sense ni investigar, mentre que ara s'obren més diligències.» A més, la creació de la secció específica ha fet que s'estigui molt més atent a aquests possibles delictes, i que, per tant, hi hagi més denúncies i querelles perquè el fiscal les vehicula. Els delictes que estudia la fiscalia es divideixen en quatre grups:

MEDI AMBIENT.
S'hi tracten delictes com els abocaments il·legals a rieres, pous o a la xarxa de subministrament o de clavegueram; problemes amb les activitats d'extracció d'àrids –per exemple per sobrepassar el perímetre o falta de llicència–; o contaminació acústica. Aquests últims, que sobretot afecten bars i discoteques, cada cop són més freqüents, i el Tribunal Suprem hi està confirmant moltes sentències pels problemes que originen per dormir o fins i tot per provocar lesions psíquiques.

ORDENACIÓ DEL TERRITORI.
Són els delictes urbanístics, com ara la construcció en llocs no autoritzats pel seu valor natural, històric...; o contravenir la normativa urbanística municipal.

INCENDIS FORESTALS.
Les denúncies són sobretot per falta de manteniment de línies elèctriques o del sotabosc sota les línies, que hagin desembocat en incendis.

FLORA I FAUNA.