Mentre que el govern creu que no hi ha cap impediment per fer el transvasament puntual del Segre, algunes entitats ecologistes asseguren que hi ha «arguments legals que no faciliten aquesta actuació». El punt on s'hauria d'iniciar la captació de l'aigua està situat a la zona del Molí del Prat, al terme municipal d'Isòvol, una zona que té protecció europea perquè és dins la Xarxa Natura 2000. La Generalitat va considerar aquesta zona d'especial conservació perquè es tracta d'una àrea típica de muntanya on hi ha espècies animals i vegetals que cal protegir com ara la madrilla (peix que viu en trams alts dels rius), el ratpenat de bosc i el de cova o la llúdria.

Fonts del Departament de Medi Ambient expliquen que les directives europees permeten fer actuacions en un espai protegit sempre que siguin «imperioses». Caldria que l'administració competent fes un informe per valorar l'afectació que tindria el transvasament puntual a la zona «per compensar-la» si fos necessari.

Pel director de Depana, Manel Cunill, la posició del govern és «una interpretació de la normativa europea», fer el transvasament puntual «no és tan senzill i és inadmissible des del punt de vista medi ambiental». Amb el projecte a la mà, caldria que l'administració encarregada de fer l'obra fes una avaluació d'impacte ambiental que hauria d'estar a informació pública per donar l'oportunitat que entitats i veïns hi diguessin la seva. Un cop aprovat definitivament el projecte, caldria que la Confederació Hidrogràfica de l'Ebre donés les autorització de les obres.