El manteniment del cabal del Ter s'ha convertit en una de les principals lluites mediambientals de les comarques gironines, és una petició que també ha comptat amb el suport de col·lectius com ara els regants del Baix Ter. De fet, la mateixa Agència Catalana de l'Aigua (ACA) ha admès que no compleix el cabal mínim ecològic del riu en bona part dels punts de control, a causa del gran volum d'aigua que s'envia per a consum domèstic des del Ter cap a les comarques barcelonines, en un transvasament que va començar amb una llei franquista del 1959. Des de llavors, moltes veus han reclamat que es rebaixi el volum de transvasament, per mantenir la salut del riu. Per exemple, el cabal ecològic del Ter a Girona està situat en 4,6 m³/s bona part de l'any, i poques vegades es supera. Darrerament ha sigut l'Ateneu Juvenil, Cultural i Naturalista de Girona qui ha reclamat amb més insistència la recuperació del cabal del riu. Per aquest motiu, han creat l'Observatori del Ter, que vol reunir totes les persones i entitats interessades en el coneixement del riu i també de tots els problemes que l'envolten.

De fet, segons el balanç hídric publicat per l'ACA, el 2002 el riu Ter tenia 418 hm³ de recursos hídrics i una demanda de 305 hm³, per tant tenia un balanç positiu de 113 hm³. Per al 2012, però, les previsions són més negatives, i si bé es preveu un augment de 7 hm³ de recursos, la demanda també pot augmentar fins als 346 hm³. Això faria que el balanç baixés fins als 79 hm³. Per altra banda, el sistema Muga-Fluvià tenia l'any 2002 uns recursos de 157 hm³ i un balanç positiu de 14 hm³. Pel 2012, es preveu incrementar el balanç fins als 43 hm³.