Els Aiguamolls de l'Empordà reben, sobretot, visites d'escolars i, per tant, l'afluència més gran de públic és en general els mesos de maig i juny. En total, el parc rep al voltant de 140.000 visites, ja que la direcció calcula que l'afluència real al parc surt multiplicant per tres els 45.488 turistes que van anar als punts d'informació l'any passat. La majoria d'aquests visitants van ser de Catalunya (30.057), de l'Estat espanyol (2.888), de l'Estat francès (4.393), Alemanya (3.399), la Gran Bretanya (2.877), altres països europeus (1.643) i la resta del món (226). Fins ara, el mes de juny ha estat el que més increment de visitants ha tingut respecte al mateix mes del 2006, i el juliol s'ha notat un increment del nombre de turistes alemanys i de visites en bicicleta. El tipus de visitant que rep el parc és familiar.

Els Aiguamolls de l'Empordà tenen una gran oferta de visites per descobrir el parc. De fet, l'empresa Terramar Cultura i Natura ofereix rutes en bicicleta, a peu, en ecocaiac, en cavall i en ecotren.

A més, una de les ofertes més interessants és l'itinerari literari, que està dedicat a l'escriptora osonenca de naixement i alt-empordanesa d'adopció Maria Àngels Anglada. Durant la ruta, una actriu llegeix escrits d'Anglada, mentre els visitants passegen pels Aiguamolls.