L'aigua és el fil conductor del discurs museogràfic: de l'Espai d'Interpretació de l'Estany, situat al primer pis. Comença amb la recollida de l'aigua a l'Alta Garrotxa, el sistema que permet alimentar l'estany i els estanyols de l'entorn i els fenòmens geològics que ho fan possible; segueix amb els processos de sedimentació i la formació de la pedra de travertí i acaba amb la vida (flora, fauna i presència de l'ésser humà) que s'ha generat gràcies a l'aigua. Tot això s'explica amb plafons de textos i il·lustracions, pantalles i vitrines, mentre se sent de fons la remor de l'aigua. L'exposició de la col·lecció Darder, per la seva banda, consisteix en una selecció de les peces més significatives per poder explicar com era un museu del segle XIX i el procés per dissecar animals, entre altres aspectes.

El nou equipament disposa també d'una sala d'actes, una sala d'exposicions temporals i una botiga. Hi treballaran vuit persones –al capdavant de les quals hi ha Lluís Figueras, nomenat fa poc director dels museus de la ciutat– a més dels monitors de les visites guiades. Aquest cap de setmana l'entrada serà gratuïta.