El Ministeri de Medi Ambient considera que l'impacte de les obres del TAV sobre la població al seu pas pel centre urbà de Girona serà moderat o considerable i proposa mesures de prevenció pel que fa a sorolls i vibracions, amb la instal·lació, sobretot, de pantalles acústiques. Les obres del tram entre Vilobí d'Onyar i Sant Julià de Ramis començaran pel túnel de Girona, tant per motius tècnics com per reduir el temps de molèsties a la ciutat i, «especialment», per evitar més retards en la construcció del tram general de la via del TAV.

També, el ministeri recomana mesures de prevenció de la contaminació per la producció de pols i altres contaminants atmosfèrics o l'allunyament de les maquinàries més sorolloses de les zones més poblades. Sobre les aigües subterrànies i superficials, el ministeri determina que s'han de fer obres de drenatge i mesures per evitar efectes barrera i altres afectacions als cabals dels rius, com ara problemes de drenatge. El Güell serà el més afectat, però l'estudi informatiu ja determina que serà restaurat. Tot i els impactes negatius, el ministeri destaca que l'eliminació del viaducte representarà un impacte positiu per a la ciutat. El ministeri rebutja, perquè diu que no li correspon, l'al·legació en la qual l'Ajuntament de Salt demana que siguin descatalogats els terrenys que encara té reservats per a un possible futur desviament per a mercaderies per fora de Girona. Tampoc accepta moltes de les al·legacions plantejades per ajuntaments i pel Consell d'Iniciatives Locals per al Medi Ambient (Cilma).