La contaminació de l’aigua per nitrats a Flaçà ja va detectar-se a començament del 2003. Llavors l’alcalde va fer un ban en què anunciava que no era potable. Aquest problema no només es manté en l’actualitat, sinó que s’ha agreujat ara en detectar-se contaminació per la presència de plaguicides (atrazina i derivats). El Departament de Salut de la Generalitat ha detectat la contaminació per plaguicides en 1,04mg/l, quan el màxim legal permès és d’1 mg/l. Salut manté que no hi ha risc sanitari perquè aquest risc és dóna quan la contaminació és de 2mg/l, segons l’Organització Mundial de la Salut (OMS).

Tot i que no hi ha risc sanitari, l’aigua no és potable i l’Ajuntament recomana que la població no en begui. Segons el ban, els valors d’atrazina a l’aigua varien constantment, i és per aquest motiu que es farà un seguiment per tal d’esbrinar si es tracta d’un fet puntual o, en canvi, d’un que perdurarà en el temps.

L’Ajuntament demanarà a la Generalitat que investigui els causants d’aquesta contaminació per emprendre les accions penals i administratives que siguin necessàries i recorda en el ban que els delictes contra la salut pública i els delictes ecològics poden ser condemnats amb la pena de presó.

L’alcalde no descarta la possibilitat que algú hagi abocat plaguicides al camp o a l’aigua directament, actuant de mala fe.

Els pous del municipi són dintre d’àrees protegides, ja que els veïns van pactar deixar de conrear els camps per evitar contaminar-los. Aquestes àrees protegides es van establir fa uns dos anys, però es van definir fa sis mesos a través d’una ordenança avalada per l’Agència Catalana de l’Aigua (ACA), la qual permet sancionar.