L’estat espanyol, a la cua en seqüenciació per a detectar la nova variant anglesa

La nova variant anglesa del coronavirus 2019 marca aquesta tercera onada. No tan sols per la por que se’n compleixin els índexs de contagi –es calcula que és entre un 40% i un 70% més transmissible–, sinó perquè hi ha una incertesa científica sobre quin efecte té en el creixement de contagis que hi ha. Tot plegat, després de les festes de Nadal i en un moment en què les temperatures tornen a baixar. Tanmateix, sí que hi ha una dada objectiva, que és el nombre de proves que fan els països per a detectar aquesta nova variant entre els seus nous contagis. I en aquesta classificació l’estat espanyol ocupa els darrers llocs.

Aquesta prova és la seqüenciació del genoma, una tècnica que permet de detectar les noves formes que pot adoptar un virus. El problema és que el procés pot tardar una setmana o deu dies i, per tant, és una tècnica costosa. Alguns països aboquen esforços en aquesta tècnica per a fer vigilància epidemiològica i, ara que circula la variant anglesa, determinar si els ha arribat i quina incidència té.

GISAID, una plataforma internacional on es dipositen totes les seqüenciacions genòmiques relacionades amb la SARS i altres virus, va publicar ahir un article on assenyala que a Espanya només s’han fet vint-i-sis seqüenciacions i s’han detectat divuit casos de la variant anglesa d’ençà que es va detectar el primer cas, que va ser a final de desembre. Tot i que els experts assenyalen que hi pot arribar a haver un decalatge de quatre setmanes des que es fan les seqüenciacions fins que es comuniquen en aquesta plataforma, és una freqüència baixa. Només cal observar uns quants països europeus. A Dinamarca se n’han fet 14.134, a Suïssa 906, als Països Baixos 1.042, a Portugal 484, a Bèlgica 278, a Luxemburg 91, a Alemanya 204…

Al capdavant, el Regne Unit, el principal afectat per aquesta variant que duu, popularment, el seu gentilici i que científicament és anomenat B-1.1.7. Hi han fet 93.456 seqüenciacions i hi han detectat gairebé 13.000 casos. Sobre això, fa un apunt el doctor Andrés Antón, cap de la Unitat de Virus Respiratoris del Servei de Microbiologia de l’Hospital de la Vall d’Hebron. “Considerem que és una variant britànica perquè s’ha detectat al Regne Unit, però si s’ha detectat allà és perquè tenen una capacitat i una dedicació a la vigilància del virus molt alta i des de fa temps. Fan moltes seqüenciacions a partir de les mostres positives. Això els permet de veure que circula de manera habitual”, explica a VilaWeb.

La política catalana i espanyola són molt allunyades de la del Regne Unit o dels països nòrdics, més acostumats a esmerçar recursos en vigilància epidemiològica. A la Vall d’Hebron, diu Antón, des del mes de març es fan trenta seqüenciacions setmanals per mirar de fer un dibuix dels llinatges que circulen a Catalunya. Tanmateix, no n’han fet cap per a la nova variant, perquè no han tingut la sospita de cap cas.

Tampoc no n’han detectat cap cas a l’Hospital Clínic de Barcelona, l’altre centre de Catalunya amb capacitat de fer seqüenciacions. El doctor Jordi Vila, cap del servei de Microbiologia de l’Hospital Clínic de Barcelona, explica que no hi ha cap pla per a fer seqüenciacions de manera rutinària, sinó que es reserva aquest procediment únicament per quan es té la sospita que un cas ho pot ser. Ho fan a partir de les PCR, que normalment empra tres gens. Quan dos surten positius excepte el que fa referència a la proteïna S, pot ser la variant anglesa. En aquest punt, podrien fer una seqüenciació de tot el genoma per veure si és, en un 100%, la mateixa variant.

Però no han arribat a aquest punt, malgrat que cada dia analitzen centenars de PCR. Ahir van fer mil PCR i en van sortir positives de coronavirus unes noranta, cap amb el gen S negatiu. “Des que es van detectar els primers casos a Anglaterra, a mitjan setembre, fins que va fer una explosió, van passar dos mesos. Aquí podríem estar en una fase incipient perquè no n’hem detectat cap”, diu Vila.

A València, el consorci format per un equip de la Universitat de València i Fisabio per una banda, i de l’Institut de Biomedicina de València, del CSIC, per una altra, hi ha un altre pol important de seqüenciació. Han detectat quatre casos de la variant anglesa i tenen algunes sospites en procés de confirmació. Ahir, en una entrevista a VilaWeb, un dels seus investigadors, Fernando González, explicava la mancança de mitjans per a fer aquestes proves. “Sempre en necessitem més si volem donar-hi una resposta ràpida. Nosaltres donem una resposta tan ràpida com podem, però tenim uns mitjans prou justos, per a dir-ho d’alguna manera.”

Manca de transparència

Això pot explicar per què a l’estat espanyol, segons dades de GISAID, només s’ha detectat vint-i-sis casos de la variant anglesa. Ahir Fernando Simón va assegurar que ja n’hi havia setanta-dos. Fonts del ministeri, però, no saben especificar quantes seqüenciacions s’han fet per arribar a aquesta xifra. De moment es dibuixa una certa nebulosa que evidencia l’absència d’un pla per a detectar el pes de la variant anglesa.

Segons Andrés Antón, la majoria de casos detectats són importats o directament associats a casos importats. I remarca que caldria fer un seguiment general: “Crec que interessa poder dibuixar la prevalença de la nova variant per poder-ho relacionar amb l’augment de casos que tens. Però aquí el tema també és saber si hi haurà variants amb característiques similars. Això és el que fa falta, reforçar i mantenir una vigilància epidemiològica continuada.”

Aquesta absència d’una estratègia de seqüenciació en massa i d’una transparència en les dades es resumeix bé si mirem el portal de l’Oficina d’Estatístiques del Regne Unit. S’hi explica el nombre de proves que es fan, els positius detectats i s’hi desgrana quins corresponen a la nova variant. En aquest gràfic, fins i tot es pot veure com s’ha anat imposant en totes les zones d’Anglaterra. Dues maneres de fer vigilància epidemiològica.